Về mặt ngôn ngữ, tên của cả hai sông Weser và Werra đều có chung nguồn gốc, sự khác biệt là do ranh giới ngôn ngữ cũ giữa tiếng Thượng Đức và tiếng Hạ Đức, tiếp xúc với nhau ở Hannoversch Münden.

Tên gọi Weser tồn tại song song với tên của Wear tại Anh và Vistula tại Ba Lan, tất cả đều có gốc từ *weis- "chảy", bắt nguồn từ tiếng Anh cổ/tiếng Frisia cổ wāse "bùn", tiếng Norse cổ veisa "chất nhờn, vũng ứ đọng", tiếng Hà Lan waas "bãi cỏ", tiếng Saxon cổ wasođất ẩm ướt, bãi lầy", tiếng Thượng Đức cổ wasal "mưa".